Co se Libereckým nepodařilo v sezoně 1998/1999, dokázali o rok později a MOL Cup tak poznal dalšího nového vítěze. Týmu z Podještědí vyšla na jedničku odveta za nepovedené finále z předešlé sezony proti Slavii. Tu Severočeši zdolali v domácím čtvrtfinále 2:0 a v semifinále přivítali olomouckou Sigmu. Už v té době přitom Liberečtí věděli, že pokud postoupí, vyzvou ve finále druholigového soupeře. Druhou semifinálovou dvojici totiž tvořili týmy Ratíškovic a Vítkovic. Slovan skutečně postoupil a v boji o pohár se střetl s největším překvapením historie MOL Cupu, Ratíškovicemi. Ty nakonec také zdolal dvěma brankami Argentince Lazzara Liuniho 2:1. Následnou cestu Liberce Pohárem UEFA zastavil až slavný Liverpool.