V sezoně 1998/1999 poznala pohárová soutěž v tuzemsku poprvé tým, který dokázal získat trofej podruhé. Povedlo se to pražské Slavii. Cesta za vítězstvím to však nebyla vůbec lehká. Sešívaní v jarních bojích sice nejprve přetlačili druholigový Most, ve čtvrtfinále však byli na pokraji vyřazení. Přes Baník se nakonec dostali až díky pokutovým kopům, ve kterých neuspěl ani jeden ostravský střelec. Slávisté pak v semifinále zdolali na jejím hřišti i mistrovskou Spartu a ve finále vyzvali Slovan Liberec. V normální hrací době gól nepadl. Vítězství vystřelil Pražanům v sedmé minutě nastavení Pavel Horváth. Od této sezony si každý vítěz domácího poháru zajistil postup do Poháru UEFA.