Současná podoba MOL Cupu se zrodila v sezoně 2012/2013, kdy se nově nejlepší ligová trojice z předcházejícího ročníku zapojila do pohárových bojů místo ve druhém kole až v kole třetím. V tomto případě se to týkalo mistrovského Liberce, Sparty a Plzně. Žádný z těchto týmů však nedokázal tuto zdánlivou výhodu přetavit ve vítězný úspěch. Jak Plzeň, tak o kolo později Liberec, skončily na kopačkách černého koně z Jablonce, jenž dokázal oba týmy dvakrát porazit a zcela zaslouženě si probil cestu až do finále. Do něj se nepodívala ani Sparta, kterou zastavila Mladá Boleslav. Ve finálovém duelu v Chomutově Středočeši dlouho vedli, ale Jan Kopic šest minut před koncem zařídil remízový stav a v penaltovém rozstřelu se přiklonilo štěstí na stranu Jablonce.