V sezoně 2009/2010 bylo rozhodnuto, že dvojzápas systémem doma/venku bude nově zaveden již v osmifinále a vítěz MOL Cupu se měl nově utkat s ligovým mistrem o superpohár. Dá se přitom říci, že právě tento ročník soutěže odstartoval zlatá léta plzeňského fotbalu. Právě Západočeši totiž tento ročník ovládli, když postupně smetli z cesty Vlašim, Duklu Praha, Kladno, Příbram a Sigmu Olomouc. Ve finálovém souboji s Jabloncem, který se uskutečnil na pražské Letné, přetlačili červenomodří svého soupeře výsledkem 2:1 a po 39 letech postoupili do evropských pohárů. V Poháru UEFA byl následně nad jejich síly turecký Besiktas.